Fondata da Nicoletta Codignola nel 1981, nasce dall'unione della collana per bambini della Nuova Italia, divenuta autonoma con la cessione della casa editrice da parte della famiglia Codignola al gruppo RCS-Rizzoli, con il catalogo della piccola editrice Fatatrac, fondata Firenze da un gruppo di 12 illustratori nel 1979. Nel corso degli anni Fatatrac ha pubblicato libri per bambini e ragazzi di autori italiani, si è caratterizzata per il rigore dei contenuti, per l'attenzione alla qualità dell'illustrazione e per l'impegno educativo attentissimo alle problematiche sociali.

L'ampio catalogo propone per i più piccoli una serie di libri gioco in cui l'elemento ludico è strettamente legato a quello educativo, come nella collana Carte in Tavola in cui le fiabe e i miti classici vengono proposti in forma di schede da comporre in una grande immagine finale.

Molte sono le proposte legate alle problematiche sociali affrontate in modo estremamente innovativo quali la tossicodipendenza, l'ecologia, la manipolazione genetica, la disabilità, l'educazione interculturale, l'educazione alla legalità, l'educazione sessuale, la promozione alla lettura. Esse si rivolgono non solo ai bambini, ma anche alle famiglie e alla scuola, costituendo spesso dei veri e propri strumenti di formazione e autoformazione.

Nel 2011 Fatatrac è diventata marchio di Edizioni del Borgo, casa editrice partecipata dal gruppo Giunti. La sede si è dunque trasferita da Firenze a Bologna. Tante sono le novità: la collana dei cartonati Cù Cù per i bambini dai 0-3 anni, la ripresa della cartotecnica attraverso lavori di Mauro Bellei e Fabrizio Silei. Si continuano inoltre a pubblicare molti albi illustrati di grandissima qualità e le Carte in Tavola con quell'attenzione per i contenuti e quella cura nella qualità che da sempre ha caratterizzato Fatatrac. L'ultima delle grandi novità arrivate in catalogo sono i Grandi Albi del MoMA, un collana di albi d'arte ideata dal Museum of modern art di New York per i più piccoli.